В Японии, захваченной и переименованной в Зону 11, вместе с младшей сестрой живёт старшеклассник Лелуш - изгнанный сын Императора, потерявший мать и право на престол. Юноша отличается от сверстников не только происхождением - он весьма одарённая личность, только где применить эти способности? Неожиданно Лелуш оказывается вовлечён в столкновение между японскими террористами и британскими солдатами. Так он знакомится с загадочной девушкой C.C. Она дарует ему сверхъестественную способность Гиас, позволяющую подчинять себе волю других людей.
Скрывая лицо под маской и под именем Зеро, Лелуш присоединяется к подпольному движению, горя желанием отомстить Британии и отцу. Будучи студентом Академии Ашфорд, юноша вынужден вести двойную жизнь.