Оказавшись во владении скипетра, Эйприл отправляется в феодальную Японию 1603 года. Черепашки-ниндзя решают следовать за ней, но неожиданно оказываются на поле сражения, вместо того чтобы попасть в предполагаемый храм, где скипетр должен был находиться. В хаосе сражения Микеланджело теряется, унесенный скипетром.
Теперь черепашкам предстоит не только спасти Эйприл из опасной эпохи, но и вернуть скипетр, чтобы смочь вернуться в свое время. В то же время, в настоящем, происходят неожиданные события и приключения, создавая незабываемую атмосферу.
Во время своего путешествия во времени, черепашки сталкиваются с японскими самураями, опасными врагами и препятствиями на пути к достижению своих целей. Они должны объединить свои навыки, использовать свою ниндзя-силу и братскую солидарность, чтобы преодолеть все трудности и вернуться домой.