Оставшись в городе Грин-Хиллз, Соник живет не один, а вместе с лучшим другом Томом Ваковски и его ветеринарной женой Мэдди. Однако, когда супруги отправляются в отпуск, новые приключения не заставляют себя ждать. Доктор Роботник возвращается, нацеленный на поиск уникального камня, способного обладать огромной силой и уничтожить целую цивилизацию. Его партнером в этом злодейском плане является взрывная и загадочная красная ехидна по имени Наклз.
Самому Сонику сопротивляться безумному доктору и его новому союзнику очень сложно, поэтому он объединяется с двухвостым лисом по имени Тейлз, который приходит на помощь. Вместе они отправляются на поиски изумруда, чтобы найти его раньше, чем он окажется во вредных руках. Однако, по мере продвижения по этому опасному пути, они обнаруживают, что имеют дело с гораздо более масштабной угрозой, чем им казалось изначально. Возникает вопрос, смогут ли Соник и Тейлз остановить злодеев и спасти мир от неминуемого разрушения?