Однако, самое мощное судно из когда-либо созданных людьми, попало в западню ницшеанского флота. Не видя никаких возможностей спастись, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться с корабля. Сама же «Андромеда» вместе с капитаном Хантом стала пленником временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было повержено, однако, Ницшеанская Империя так и не была создана. С этого времени вселенная погрузилась во тьму и хаос «Долгой Ночи».
Прошло 303 года, прежде чем корабль «Эврика Мару», находящийся под командованием Беки Валентайн, смог вытащить когда-то могущественное судно Содружества с орбиты чёрной дыры. Для всех жителей вселенной прошло 303 года, тогда как для Дилана Ханта прошло лишь одно мгновение. Объединившись с членами экипажа «Эврики Мару», капитан Хант взялся за миссию по восстановлении Содружества Систем, прекрасно зная, что этот путь к его цели будет долгим и сложным.